信使 RNA（mRNA）疗法凭借快速开发能力与诱导有效免疫应答的能力，彻底改变了现代医学，成为对抗传染病的强有力武器。mRNA 序列所编码靶蛋白的表达水平主要受翻译效率与稳定性影响，而通过修饰 5′ 与 3′ 非翻译区（UTR）、密码子适应指数、GC 含量及二级结构，可显著提升二者。为应对 mRNA 设计优化的挑战，我们开发了 mRNAdesigner——一款专为提升真核生物中 mRNA 稳定性与翻译效率而设计的网络服务器。用户可输入编码序列（CDS）以及可选的 5′ UTR 和 3′ UTR，该工具在遵循用户设定的 GC 含量偏好的前提下，通过减少未配对区域、尽量减少复杂茎环结构、降低稀有密码子使用来优化 CDS。此外，mRNAdesigner 还可识别最佳 UTR 序列以提升翻译效率与稳定性。作为开放获取的计算资源，mRNAdesigner 支持全长 mRNA 设计，使研究者能够生成高表达 mRNA 序列，从而在真核表达系统中高效生产蛋白，为疫苗开发与蛋白治疗药物提供额外支持。这是首个向公众开放获取的此类工具。
