信使RNA（mRNA）疗法凭借快速开发能力与诱导有效免疫应答的能力，彻底改变了现代医学，成为对抗传染病的有力武器。mRNA序列编码的靶蛋白表达水平主要受翻译效率与稳定性的影响，而通过改造5’和3’非翻译区（UTR）、密码子适应指数、GC含量及二级结构，可显著提升翻译效率与稳定性。为应对mRNA设计优化的挑战，我们开发了mRNAdesigner——一款专为提升真核生物mRNA稳定性与翻译效率而设计的网络服务器。用户可输入编码序列（CDS）以及可选的5′ UTR和3′ UTR，该工具在遵循用户设定的GC含量偏好的前提下，通过减少未配对区域、最大限度降低复杂茎环结构以及减少稀有密码子使用来优化CDS。此外，mRNAdesigner可筛选最佳UTR序列，以增强翻译效率与稳定性。作为开放获取的计算资源，mRNAdesigner支持全长mRNA设计，使研究者能够生成高表达mRNA序列，从而在真核表达系统中高效生产蛋白，为疫苗开发与蛋白治疗药物研发提供额外支持。这是首个向公众开放获取的此类工具。
